Müze 20 Temmuz 2010’da açıldı. Bayraktar köyünün eski adı olan “Baksı” Kırgız Türkçesi’nde şaman anlamına geliyor. Müze için Baksı isminin seçilmesinin nedeni, şamanın “şifacı, yardımcı, koruyucu” gibi anlamlarının, müzenin misyonlarıyla örtüşmesindedir.
Sergi salonları, depo müze, atölyeler, konferans salonu, kütüphane ve konukevi ile 40 dönümlük bir araziye yayılan Baksı Müzesi, Bayburt doğumlu sanatçı ve akademisyen Prof. Dr. Hüsamettin Koçan’ın bireysel düşü olarak 2000 yılında filizlendi.
Bu proje Hüsamettin Koçan’ın doğduğu topraklara yaşam birikimini taşıma çabasının bir sonucudur. Bu fikri hayata geçirmek amacıyla 2005 yılında Baksı Kültür Sanat Vakfı kuruldu.
Baksı Müzesi Doğu Karadeniz'de, Bayburt'un 45 km dışında, Çoruh Vadisi'ne bakan bir tepenin üzerinde kuruludur.
2014 yılında Avrupa Konseyi Müze ödülüne layık görülmüştür.
